Nilai yang dikembangkan dalam Pendidikan di SMA Islam Al Azhar BSD tercermin dari konsep nilai dalam Logo Yayasan Muslim Al-Azhar yang menggambarkan bangunan yang terdiri dari enam pilar dimana terbagi
- Tiga baris pertama melambangkan iman, islam, dan ikhsan.
- Tiga baris ke dua melambangkan kognitif, afektif, dan psikomotor.
Dalam logo tersebut mengandung makna bahwa Yayasan Muslim Al-Azhar sebagai institusi pendidikan ingin mendidik siswa siswi mereka bukan hanya menjadi insan yang pandai berkualitas dan mampu bersaing tetapi juga mempunyai akhlakul karimah yang baik. Begitupun, dengan SMA Islam Al Azhar BSD sebagai sebuah lembaga pendidikan yang berciri khas Islam memiliki cara pencapaian tujuannya berbeda dari lembaga pendidikan yang lainnya bahkan cara ini dapat dijadikan sebagai nilai plus tersendiri . Adapan cara pencapaian tujuan tersebut melalui penerapan program pembinaan keagamaan yang dikenal dengan : sembilan jalur pembinaan kegamaan” yaitu :
- Jalur Mata Pelajaran Agama Islam
- Jalur Internalisasi Nilai-Nilai Islam setiap Mata Pelajaran
- Jalur Tadarus dan Kehataman Al-Qur’an
- Jalur Peringatan Hari Besar Islam
- Jalur Pesantren Latihan
- Jalur Standar Kompetensi Agama Islam
- Jalur Peribadatan (Sholat Berjamaah)
- Jalur Budaya dan Iklim Sekolah
- Jalur Tahfidz
Proses pendidikan yang dijalankan di Perguruan Islam Al-Azhar BSD, disamping merujuk pada konsep dan prinsip-prinsip pendidikan Islam (al-tarbiyyah, al-islamiyyah), juga mengacu kepada empat pilar pendidikan yang dicanangkan UNESCO, yaitu: learning to know (belajar untuk mengetahui); learning to do (belajar untuk melakukan sesuatu); learning to be (belajar untuk menjadi diri sendiri); dan learning to live together (belajar untuk menjalani kehidupan bersama)